El Mar Menor era hace diez millones de años una gran bahía abierta al Mar Mediterráneo. Movimientos de formación de las montañas vertieron sedimentos a través de los ríossurgiendo así volcanes submarinos que dieron lugar a las islas actuales: Grosa, Mayor o del Barón, Perdiguera, Ciervo, Sujeto y Redonda, de esta misma forma emergería el monte “El Carmolí”.
La laguna que hoy conocemos como Mar Menor se formó en la era del Cuaternario (2.000.000 a. C.), sobre una bahía que se extendía desde la actual Cabo de Palos hasta lo que hoy conocemos como El Mojón (San Pedro del Pinatar), además, las corrientes marinas arrastraron arena que se acumuló en los islotes y promontorios volcánicos del litoral, conformando el largo y estrecho brazo conocido como La Manga.
A partir de entonces, el mar interior o Mar Menor se comunicaría con el Mediterráneo a través de una serie de canales o golas naturales que renuevan las aguas.
La laguna y sus humedales periféricos, han sido designados por las Naciones Unidas como Zona Especialmente Protegida de Importancia para el Mediterráneo (Convenio de Barcelona). Se trata del humedal RAMSAR número 706.
Además, están protegidos:
• Salinas y Arenales de San Pedro del Pinatar: Al norte de La Manga del Mar Menor, en el municipio de San Pedro del Pinatar. Protegido como Parque natural y ZEPA
• Espacios abiertos e islas del Mar Menor: Se protegen dentro de este espacio las cinco islas volcánicas del Mar Menor: La Isla Perdiguera, la Isla Mayor o del Barón, la Isla del Ciervo, la Isla Rondella, y la Isla del Sujeto, así como los espacios del saladar de Lo Poyo, el Carmolí (tanto el Cabezo como la marina), la playa de La Hita, el Cabezo de San Ginés y las salinas de Marchamalo. Espacios protegidos como parque natural. Municipios de Cartagena, Los Alcázares y San Javier.
• La isla Grosa que comparte el mismo origen volcánico que las islas interiores del Mar Menor, también queda protegida dentro del Parque natural de Islas e Islotes del Litoral Mediterráneo.